La Estación de Ecología Acuática se constituye mediante un convenio específico de cooperación entre EMASESA y la Universidad de Sevilla, con fecha de 19 de abril de 1993, por el cual ambas partes manifiestan su disposición para establecer una colaboración en los campos científicos y tecnológicos de interés común, incluyendo la participación en proyectos conjuntos, tanto de ámbito nacional como internacional.
La Estación de Ecología Acuática se ubica en el antiguo Pabellón que el Principado de Mónaco construyó con motivo de la Exposición Universal de 1992.
El Principado cedió el edificio y sus instalaciones al Ayuntamiento de Sevilla, y es EMASESA la encargada de su gestión, quedando integrada en el Parque Científico y Tecnológico Cartuja, donde ya operan más de un centenar de instituciones y empresas.